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動物由来薬剤耐性菌モニタリング(JVARM)では、薬剤感受性試験には、CLSI に準拠した微量液体希釈法を用い、収集した各種菌株の抗菌剤の MIC 値を測定している。なお、BP は、CLSI で規定されている薬剤についてはその値を採用し、CLSI で規定されていない薬剤については、EUCAST で規定されている値又は微生物学的 BP(二峰性を示す MIC 分布の中間点)を採用した。
健康家畜由来の食品媒介性病原細菌及び指標菌については、2015 年まで家畜保健衛生所が農場において採取した対象家畜の糞便を検体として調査した。一方、欧米では糞便の集約的な採取が可能で、より食品に近いことから「と畜場及び食鳥処理場」が薬剤耐性モニタリングの検体採取場所とされていたことから、2012 年度に「と畜場及び食鳥処理場」における健康家畜の糞便サンプリングを開始した。2012 年度及び 2013 年度の「と畜場及び食鳥処理場」と農場での大腸菌及びカンピロバクターの成績を比較した結果、大きな違いがないことが確認されたことから、2016 年度より農場における糞便サンプリングから「と畜場及び食鳥処理場」での糞便サンプリングに移行した。

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